قدمت این مدرسه به دوره شاه عباس صفوی می‌رسد. الله وردی خان در زمان حکومتش برای آبادی و پیشرفت فارس تلاش‌های زیادی کرد. اقدام‌های او در زمینه‌های بازرگانی، فرهنگی، نظامی و عمرانی بود. او تصمیم گرفت مدرسه‌ای برای ترویج علم و فرهنگ بسازد. الله وردی خان تمام هزینه‌های ساخت مدرسه را به‌تنهایی پرداخت کرد؛ اما قبل از تکمیل‌شدن مدرسه از دنیا رفت. بعد از فوت الله وردی خان، فرزندش امام قلی خان مدرسه را در سال ۹۹۴ هجری شمسی تکمیل کرد.

 الله وردی خان بعد از ساخت بخشی از مدرسه، از ملاصدرا درخواست کرد تا برای تدریس به شیراز برود. تدریس علوم معقوله یکی از ویژگی‌های برتر این مدرسه نسبت به دیگر مدارس تربیت طلاب بود؛ زیرا مدارس اصفهان این درس را به طلاب آموزش نمی‌دادند. الله وردی خان به ملاصدرا اختیار کامل داد تا تمامی درس‌ها را با سلیقه خودش برای آموزش دسته‌بندی کند. علومی که ملاصدرا انتخاب کرد درس‌هایی مثل فقه، نجوم، حساب، هندسه، زمین‌شناسی، شیمی، جانورشناسی و گیاه‌شناسی بود. به همین خاطر این دوره را یکی از بهترین دوران تدریس ملاصدرا می‌دانند.

جهت کسب اطلاعات بیشتر درباره مدرسه خان و دیدن عکس های مربوط به آن لینک را مشاهده فرمایید.